माहाशाखा तथा शाखाहरु :

१. जलस्रोत महाशाखा

• सिँचाइ तथा नदी व्यवस्थापन शाखा
• बहुउद्देश्यीय आयोजना शाखा
• जलविज्ञान तथा जलवायु परिवर्तन शाखा
• वातावण शाखा

२. ऊर्जा महाशाखा

• ऊर्जा विकास शाखा
• नवीकरणीय ऊर्जा तथा कार्बन व्यापार प्रवर्द्धन शाखा
• आयोजना प्रवर्द्धन तथा अनुमति पत्र शाखा
• विद्युत व्यापार, विद्युतीकरण तथा प्रणाली विस्तार शाखा
• विकास सहायता तथा समन्वय शाखा

३. योजना महाशाखा

• योजना शाखा
• अनुगमन तथा मूल्याङ्कन शाखा (उर्जा)
• अनुगमन तथा मूल्याङ्कन शाखा (सिँचाइ)
• विपद् व्यवस्थापन शाखा

४. प्रशासन महाशाखा

• कर्मचारी प्रशासन शाखा
• आर्थिक प्रशासन शाखा
• आन्तरिक व्यवस्थापन शाखा

५. कानून तथा फैसला कार्यान्वयन महाशाखा

• कानून तथा फैसला कार्यान्वयन शाखा

६. मन्त्रालय आयोजना पुल

• नौमुरे बहुउद्देश्यीय आयोजना